先日、中古一戸建てを購入する契約を済ませましたが、担当者が頼りなく、未だに契約書も受け取れていませんし（相手方のはんこがまだ）、ローンの申し込みも出来ていません（住民票他必要書類のみ渡し済）。

私共は契約に至るまで担当してくれていた営業の方が信頼できる（私共の意向をよく理解してくれている）と感じて決めたのですが、契約後の実務はその方の仕事ではないとのことで、ちょっと騙されたような気分です。

今後、リフォームもありますし、当該物件にはまだ抵当権がついていますので、このままでは決済・引き渡しが問題なく済むのか、とても不安です。

私共は最初の営業の方に最後まで面倒を見ていただきたいのですが・

それでもその会社のシステムで出来ないと言うのであれば、違う担当者に変えてくれるよう依頼されたら良いのではないのですか？

まーそう言っても不安でしょうから、まず契約書の件ですが、片契約(一同に会さず順番に署名押印していく)ってやり方は無い事はないです。
売主、買主双方の都合がつかない場合などは、仲介業者が持って回って契約します。
ただいつまでも契約書が手元に届かないと不安を感じられると思います。

手付金は支払われていると思いますが、支払時は売主さんの領収証ではなく、仲介業者の預り証だったはずです。
業者は営業するのに一千万円の供託をするか、保証協会の社員になるかどちらかが義務づけられていますので、万一業者が倒産しても、その手付金は戻ります(上限１千万円)

次に、抵当権の件ですが、通常不動産を購入する時は銀行で借入して購入し、長期間に渡って完済します。完済までの途中で売却しようとすれば、当然担保はついたままの販売となり、決済時に買主の決済金で完済する事になります(同時抹消処理)ので担保がついたままの販売(契約）は珍しい事では有りません。

但し、売買代金より抹消金(売主の借金の残高)のほうが多い(いわゆる債務超過)の場合は話は全く変わってきますが・・・

抵当権の件ですが、売り主さんは物件の購入代金を某信販会社で借りておられるようです。
その他に、別の金融機関（銀行ではない）の金銭消費貸借契約の根抵当権と賃貸権の仮登記がされています。

仲介業者（最初の担当者）の話では、物件売買価格では返済に少し足りないようです。（だからといって足りない分も出して差し上げる余裕は当方にもありませんが）

このような場合だと、やはり何か注意が必要でしょう

この場合、売買取引決済時まで、仲介業者に手付金を保管(預かって)してもらう方が安心(１千万の供託で担保される為)でしょう。

そのように交渉されればいいかと思います。ただ通常債務超過の場合仲介業者が何らかの提案をしてくるはずですが・・・

何らかの提案って例えばどういうものでしょうか？
仲介業者はそこ（売り主の債務超過）にはあまり触れないのですが・・・？
ちなみに、手付け金の保全措置もとってもらっていません。
当方が心配のしすぎなのでしょうか？

通常債務超過物件の場合、手付金の保全は業者として当然考えるべき事項の一つだと認識しております。
その部分について何も提案が無いって言うの事に疑問を感じただけです。
保証協会でも保全システムはあるのですが、債務超過物件については利用出来ません(何のためのシステム???)
ですから仲介業者に保管を依頼されればどうかと申したわけです。

当初のご担当の営業マンに相談される事をお勧めします。