名義が違うことになってしまいますが、（名字が変わったので）売る時に問題にならないでしょうか？

又、1000万円ほどローンが残っていますが、不動産屋に買ってもらって売れたら相殺という事は無理なのでしょうか？

今回の場合は、登記名義人の変更をしてから所有権移転ということになります。

売却時に、同時に処理されれば問題ないです。

登録免許税が1000円必要です。

ローンの残債は、残金をもらった中から返済すると言うのが一般的です。

残金決済場所まで、借入れしている金融機関にとりに来てもらうように、事前に声をかけておいて下さい。