マンション購入の際、住宅ローンを共有名義（私：5分の3、妻：5分の2）で組みました。
離婚後、名義を私に一本化する場合、どうゆう手続きが必要になるのでしょうか？

また、それにかかる費用はどれくらいかかるのでしょうか？

所有権の移転の登記を司法書士さんに依頼して法務局に提出してもらう。これだけです。

しかし、今までの住宅ローンの組みと今後のお金の流れ方によって登記の原因が売買か贈与か離婚による財産分与か変わってきて、それによって登録免許税(登記代)が変わってきます。

また、今までのローンの組み方によっては妻名義で借入していた分を一括で返済しなければならない場合も出てきます。

おそらく、一番利口な方法を希望されると思いますので、　「住宅ローンを共有名義」というのは、単に共有で持分を持っておられるのか、夫婦共働きで収入合算をしてローンを組まれたのか、それぞれに年金融資を利用されているのか、また今回の離婚で金銭のやり取りが有るのか無いのか、をまず教えてください。

離婚の原因はともかくとして、私（夫）から切り出しました。
この場合は離婚による財産分与になるのでしょうか？
これもよく分かりません。

この状況で、私がマンションを譲りうけると言った場合、離婚を切り出した方（私）が相手から財産を贈与される（？）になる思います。
そもそも許されるのかどうかも解りません。

そして、マンション購入時の状況としては以下の通りです。
・夫婦共働きで収入合算をしてローンを組んだ
・住宅金融公庫のみ（年金融資は使用していません）
・頭金は妻が負担した

こんな状況で私がマンションを譲りうけるということ自体問題があると思いますが、今のお互いの経済状況からいうと、マンションを売却して清算するか、私が残りのローンを支払っていくかということになります。

また、こんな状況のため、離婚に関する金銭のやり取りはないと仮定していただいて結構です。
後者を仮定した場合の費用についてお教えねがいたいのですが。
説明不足で申し訳ございません。

問題は公庫と税金です。

公庫が妻と収入合算ということは、多分連帯債務者になっていると思います。
離婚を境に連帯債務を抜けることになると、公庫から夫の収入に見合った借入額まで内入れ入金か、別の連帯債務者をたてる事を条件にして来ると思います。

次に税金ですが、通常離婚をして財産をもらったときは贈与税はかかりません。
http://www.taxanser.nta.go.jp/4414.HTM(離婚して財産をもらったとき)
　 しかし、あげる側(今回は妻)は譲渡所得税の対象になります、もっともマンシ
ョンが買ったときより値下がりしていればかかりませんが。
http://www.taxanser.nta.go.jp/3114.HTM(離婚して土地建物などを渡したとき)

費用としては登記に要する費用、借入の内入れ金、税金があります。

登記費用は財産分与も贈与も固定資産評価額×25/1000と司法書士報酬が必要です。金銭の授受が無いと言うことですので売買にはならないです。

あと公庫の内入れ等の件と離婚による財産分与にあたるかどうかはそれぞれ借入された銀行、税務署に確認して下さい。