ローンはそのまま私の給与から天引きされていましたが、４年前に最初の繰上げ返済をし、その際には夫の貯金から300万円程度借りました。

３年前にも繰上げ返済をし、そこでも夫から300万程借りました。

２年前には、私が育児休職(無給)に入る前であったので、ローンが一時中断するのが嫌だと思い、私と夫の貯金をかき集めて完済しました。(夫からは500万円位)いずれの場合も、夫からいくら借りたかはすべて記録してあります。

さて私は２年間休職して、その間は無給だったのでマンションの固定資産税や管理組合費などは事実上夫の収入から払っていたようなものです。そして今年復職し、今はまた自分の給与所得があります。

夫婦間でも金銭貸借はちゃんと記録していれば贈与にならないと思っていたのですが、ここに来てふと、共有名義にすれば良かったことに気づきました。
これまで育児の忙しさに取り紛れてしまっていたのですが・・・

今からでも、例えば２年前に遡って共有名義にすることができますか。
(更正登記というのはそれなのでしょうか？）
また、共有名義の割合を決める場合、固定資産税やマンション管理費なども
計算に入れるのでしょうか。

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もうひとつ気になるのは、もしかすると近く転勤になるかも知れず、そうすると多分このマンションを売ることになります。
現在の相場からすると、2000万円ほどの売却損が出そうです。
すると確定申告での「損益通算」がその年にだけ適用されると思うのですが、共有名義だと、夫婦それぞれが自分の所得で損益通算できるのでしょうか。

長くなりましたが、どうぞご教示ください。よろしくお願いいたします。

今回のケースは持分の売買になると思います。
固定資産税や管理費等も持分に含まれますが年間６０万円までの贈与は無税になりますのでこの辺の事も含めてご検討されてはいかがでしょうか

損益通算（居住用財産を処分して赤字（譲渡損失）がでた場合に確定申告する時に所得等と譲渡損失を通算して計算すること）できるかと言うご質問ですが・・・

損益通算は受けられます。
ローンを完済されていますので損益通算は一年になりますね、ご夫婦共損益通算を受けられますが計算が難しいです、持分の移転する割合によってはご主人に利益がでる可能性があります。おかしな話ですが下記の例をご覧ください。

例）
５００万円で持分３/１０購入したとした場合この金額と登記代等が取得原価になります
今度売却した時に５０００万円で売れた場合５０００万円の３/１０は１５００万円になりますよね

そうすると単純計算で１０００万円の利益が出たことになります（経費は計算していません）
ここに原価焼却等の計算にいれないといけないので単純には計算できませんが・・・
（５００万円で持分を購入すること事態が贈与と見なされますがあくまで例です）

上記の例のようなことはないと思いますが、念の為専門家（税理士、税務署）に持分の移転登記を含めてご相談されたほうがよいと思います。

注意）
近しい方（親子.夫婦等）どうしの持分等の売買は贈与とみなされるケースがありますので関係書類（売買契約書、領収書等お金の流れが解る書類）は必ず保管してください。