一般的には、当時抹消処理というかたちがとられます。

通常の流れは、売却の契約時(売買契約)に10％〜20％の手付金を受け取り、売買取引決済時に、売主・買主・司法書士・売主のローン借入れ金融機関・不動産業者が買主がローンを利用する金融機関に集まり、物件の明渡し、売主から買主への所有権移転登記、売主の抵当権抹消登記、買主の抵当権設定登記が同時行われます。

決済時に買主さんから受け取る残金を、その場で借りている金融機関に返済して、担保の抹消書類を受け取る形で処理されます。

注意
売買価格より、ローンの残債(借入れの残り)のほうが多い場合は、手持ち資金が必要になります。