その結果、面積は減ったものの住むには支障のない面積だったので、地主からその土地を購入しようと思っています。
土地購入後は、それを担保として借入をして、その資金で新築をする予定です。

そこで質問ですが、

１　土地区画整理事業中の仮換地面積で土地売買契約書をつくり、今回は登記を見送り、本換地後（平成１６年の予定）に登記するという契約を交わした場合何か問題があるのでしょうか。

２　もう１つの考えとして仮換地では登記できないので、従前の土地で本登記をした場合、何か問題があるのでしょうか。

３　地主が上記２にすると今回の登記と本換地後の登記とで、登記費用や登記手続が２倍になり、気がすすまないようなことを言っています。実際に登記費用が２倍になったり、手続きが２倍になったりするのでしょうか。

４　今回契約事態は個人売買となるのですが、問題はないのでしょうか。

以上ですが、ぜひともアドバイスをお願い致します。

基本的に、仮換地指定効力発生後は使用収益(建物を建てたりして実際に使う事)は仮換地、処分設定(売ったり、担保にしたり)は従前地でという事になります。

ですからご質問の１は基本的におかしい話です。売買は処分ですから、従前地の地番、地積で行うことになります(実際に使用できるのは仮換地の土地が使えます)又、代金全額を支払われて登記をしないという事は非常にリスキーです。(2重売買されたりします)

上記の説明のとおり２のご質問はなんら問題ないです。　
　
３のご質問は？？？そんなこと無いはずです。
　
４のご質問ですが、仮換地の売買の後、換地処分されると、精算金が徴収されたり、交付されたりしますので、契約時に精算金の授受が誰に帰属するのか、キチンと決めておいて下さい。

このようなサイトがあることをたいへんありがたく思っております。
これからも、ぜひ続けてくださるようお願い致します。